• Очень часто вода в колодце исчезает из-за того, что неподалёку, в жиле горизонта, который питал Ваш колодец, сосед выкопал более глубокий колодец и отбирает большое количество воды.
• Также, бурение рядом скважины может повлиять на колодец, но в таком случае вода может вернуться в колодец через месяц. Сезонная засуха.
• Колодцы находятся в верхнем водоносном слое, его уровень напрямую зависит от дождей и паводков. Дно колодца заилилось и мешает нормально поступать воде в колодец (здесь нужна чистка, а не углубление)

На заметку: Выемка грунта в кольцах меньшего диаметра на порядок сложнее, чем в стандартных, поэтому и стоимость работ выше.
Довольно часто углубление небольших колодцев не выгодное дело, дешевле и лучше выкопать новый колодец, а старый засыпать